中田入選了日本各個年齡段的國家隊，中田英壽在1993年的國際足總U-17世界青年錦標賽表現出色，接下來的一年年僅19歲的中田代表日本國奧隊參加了亞特蘭大奧運會的足球比賽。那也是日本隊在28年內第一次入選奧運會，在小組賽中中田幫助球隊1-0擊敗巴西。

14歲的時候他入選了日本國青隊，6年後也就是1997年5月，在日本與韓國的比賽中他第一次代表國家隊出場。

1997年，中田英壽成為了日本國家足球隊出戰法國世界盃預選賽的正選球員。總計14場比賽，中田英壽出戰11場，攻入5個入球。而在附加賽3-2戰勝伊朗一役中，日本隊收穫的三個入球，全部出自中田英壽的組織策劃，幫助日本隊首次晉級世界盃決賽週。

1998年，在法國世界盃中，21歲的中田英壽作為球隊的核心打滿了小組3場比賽。雖然沒有出線，但中田英壽表現出的個人能力得到了歐洲球會的注意。

2002年世界盃上他成為了日本隊的核心，作為日本隊的隊長他幫助日本隊創造歷史最佳。他在小組賽第三場對陣突尼斯的比賽中頭球入球，將比分在2比0，幫助日本隊晉級十六強。這是中田英壽在世界盃上的第一粒入球，同時也是最後一粒。

由於個人原因，中田英壽缺席了很多場國家隊比賽，包括2000年及2004年的亞洲杯和2006年世界盃預選賽。

日本隊雖然打入了2006年德國世界盃的決賽階段，但他們在小組賽中負於澳洲及巴西，小組賽排名最後遭到淘汰。司職中場的中田英壽雖然在日本隊與克羅埃西亞的比賽中被評為全場最佳球員且最終比賽打平，在和巴西比賽結束後，中田英壽一起與負責轉會的代理人和經紀人事務所再次協商，最終決定正式告別足球生涯。